合作创新采购作为全新的采购方式，在解决以往创新产品采购问题的同时，也给采购管理及参与者带来了新挑战。开展合作创新采购，需要厘清并解决好以下四个重点难点问题：
夯实基础，科学确定采购需求。《办法》明确指出，创新针对的是市场没有的产品，是从无到有的创造过程。将尚处于想法阶段、不太清晰的需求描述清楚并非易事。《办法》第三条规定了合作创新采购的适用情形，为需求制定提供了依据，第二章则专门对合作创新采购需求管理进行规定，提出一套具有可操作性的需求形成机制。
《办法》第七条对合作创新采购需求调查提出明确要求，采购人开展采购前应进行市场调研和专家论证，科学设定最低研发目标、最高研发费用和研发期限。第八条至第十一条分别从竞争方式、资格条件、政府采购政策落实以及知识产权管理等方面作出规定。第十二条要求采购人开展采购前制定采购方案，并对方案内容、论证、内部审查等提出详细要求，至此初步形成采购需求，同时强化了内控管理。
为使采购需求更科学、完整、规范，《办法》第十七条、十八条和二十一条对创新概念交流、研发谈判文件拟定以及谈判内容和要求等进一步明确。合作创新采购项目的需求形成过程复杂，但有章可循且不断完善。在实际项目实施中，如何通过广泛深入的“头脑风暴”，充分借鉴各方智慧，提高需求质量，是需要认真思考的问题。
突出重点，建立健全竞争机制。竞争是采购的固有属性，公平有效的竞争是采购活动的追求目标。在合作创新采购中，建立健全公平有效的竞争机制至关重要。《办法》在资格审查、研发竞争谈判、研发中期谈判和首购评审等环节，对强化竞争、建立供应商淘汰机制作出明确规定。
《办法》第八条规定，除特定情况外，采购人应通过公开竞争确定研发供应商，公开竞争是合作创新采购的“默认”方式。第十六条规定了特殊情况下可直接邀请供应商的情形，对于供应商数量不足的情况，也规定可继续开展采购活动，平衡了采购活动的公开竞争要求与程序效率，降低了时间成本和围标风险。
综合《办法》相关条款可知，研发竞争谈判应采用综合评分法，且供应商研发方案分值占总分值比重不得低于50%，可两阶段评审。第二十四条规定通过研发中期谈判淘汰未完成相应阶段标志性成果的供应商，第二十六条对创新产品首购作出规定，从市场推广角度选择性价比最优的产品。
抓住关键，做好创新概念交流。创新概念交流是合作创新采购特有的环节，在研发活动实施前，就创新产品的实质性技术创新以及研发方案涉及的新技术概念进行交流论证，确认其可行性，对合作创新采购至关重要。
《办法》第三章规定，订购程序包含创新概念交流等四个环节，第十七条明确，创新概念交流的形式是谈判小组与所有通过资格审查的供应商共同进行，交流内容涵盖多个方面，并对交流方式和结果运用等提出要求。第十八条规定研发谈判文件依据创新概念交流结果制定，详细列出了文件的14个主要内容，这些内容又对创新概念交流环节具有指导作用。其中，需要重点把握的内容包括研发目标、费用等基本信息，成本补偿与激励费用，评审相关标准，分阶段研发要求以及验收方法和标准等。
关注安全，强化采购风险管控。作为全新采购方式，《办法》高度重视风险防控，明确规定了一系列防范风险的程序、要求和举措。
《办法》第二条严格界定创新产品，第三条规定采购方式适用范围，第四条明确实施主体及相关授权批准要求，第五条强调建立风险分担与激励机制，第六条提出安全审查要求，第十一条对涉及特定利益的知识产权归属作出规定，第十三条、第十四条、第三十九条强调保密要求。
鉴于合作创新采购评审标准量化困难，为防止投机供应商低价抢标导致项目失败，《办法》在多个条款中对最低研发目标、供应商资格条件、研发方案评审等作出规定，还明确了平行研发、阶段性评审、合同期限等要求，全方位管控采购风险。
